Além destes instrumentos o Projeto aborda o fortalecimento institucional de 4 Unidades de Conservação que serão acompanhados por meio da avaliação da efetividade de gestão, com a aplicação da ferramenta “Management Effectiveness Tracking Tool - METT” (WWF, 2007). Responsável: SP (Fundação Florestal).
As UC que integram o Componente 3 são: O Parque Estadual Serra do Mar (Núcleo Itarirú e Santa Virgínia), Estação Ecológica de Bananal e Área de Proteção Ambiental de São Francisco Xavier.